神圣罗马帝国的兴盛时期

1208年，腓力在一场争吵中被谋杀，韦尔夫家族的奥托赢得了短暂的胜利，直到他也开始宣称西西里的王位。教宗意诺增爵三世惧怕帝国和西西里的威胁，于是支持自己的教子，西西里国王腓特烈二世，那个10年前被排除出帝位继承的亨利六世之子，进军帝国并成功击败了韦尔夫家族的奥托。

虽然这位腓特烈在出征帝国之前将西西里王位传给他的儿子亨利，但在他胜利之后，腓特烈并没有履行他保持两个国家分离的诺言，仍旧保留自己对西西里的实际控制权。

这一局面一直持续到1220年西西里国王腓特烈加冕为皇帝。教宗惧怕腓特烈的力量，最终对他施以绝罚。另一方面，腓特烈曾承诺发动十字军东征，但却一再推迟。他虽被开除教籍，还是在1228年领导了十字军东征，这次东征结束于一系列谈判并使耶路撒冷王国短暂复国。

腓特烈凭借此次东征的胜利与西西里的优秀反击恢复了自己的教藉，但仍然无法阻止帝国皇帝与教宗的冲突日益加剧，其结果就是，腓特烈所信赖的长子亨利在教宗的支持下于1234年发动了对父皇的叛乱，而1247年腓特烈死后，帝国诸侯又在教宗的支持下选出了一位对立国王威廉。

腓特烈二世的统治期是帝国中央集权瓦解的开始。当他专注于将西西里建立成一个中央集权国家时，他大部分时间都不在帝国的东法兰克地区,这使得当地诸侯获得了广泛的特权：在1220年的《神圣诸侯契约》中，腓特烈下放很多权力给主教，如制定关税、铸币和设防。

在1232年的《世俗诸候法案》中又将大部分上述特权分给了世俗地区。虽然事先这些特权很多都已经存在。1232年的《世俗诸候法案》中更首次将东法兰克地区的诸侯们称为”Domini Terræ“，即他们领地的主人，这也是政治术语一次非凡的进步。

另外，为了拉拢波希米亚公爵普热米斯尔·奥托卡一世这个重要诸侯和作为支持腓特烈成为皇帝的回报，腓特烈在1212年颁布西西里金玺诏书，将波西米亚公爵晋升为王爵。从此，波希米亚国王除了参与帝国会议之外的所有义务皆被豁免。

腓特烈希望通过这类广泛的特权授予来拉拢帝国诸侯们，以使在他专注于意大利事务期间，诸侯们能帮他维持好阿尔卑斯山以北的秩序。事实上这类政策至少在腓特烈在位期间有一定成效：1234年的亨利叛乱之际，在红胡子时期一直给皇帝添堵的帝国诸侯们这次都坚定地站在皇帝一方，而使叛乱在半年内便被平定。

1250年，腓特烈二世死亡。同1197年所发生的事一样，腓特烈二世之子康拉德四世和另一位由帝国诸侯拥立的罗马国王荷兰的威廉围绕着帝位再次产生斗争。1254年，康拉德四世死后帝国进入大空位时期。

王朝统治期间，一个重大变化是帝国诸侯们成功且和平地推动着向东方土地定居的进程，此前这里不是由西斯拉夫人定居就是无人居住，于是这些土地逐渐的日耳曼化。凭借定居地的东扩，也由于本地斯拉夫统治者与日耳曼人的通婚，帝国的影响力不断上升，最终到达了波美拉尼亚和西里西亚。

同时，条顿骑士团在1226年被马佐夫舍公爵康拉德邀请到普鲁士来促使普鲁士人的基督教化，然而条顿骑士团和他的继承者普鲁士王国从来就不是神圣罗马帝国的一部分，尽管后来普鲁士国王以勃兰登堡藩侯的身份参与帝国政治。

另一个变化是新式城市体系”帝国自由城市“的建立。这一体系的形成一部分是由于人口剧增，同时也是为将经济发展重心放在重点地区，在以前城市只形成于古罗马的地基或主教辖区。包括弗莱堡在内的一些城市建立于12世纪，一定程度上成为很多后世城市的经济发展模板，如慕尼黑。